Dana 10. prosinca 2003. godine, na Dan ljudskih prava, utemeljena je Koordinacija nacionalnih manjina Grada Zagreba. Vijeće češke nacionalne manjine Grada Zagreba postalo je članica Koordinacije potpisivanjem Sporazuma o osnivanju Koordinacije. U Radu Koordinacije sudjeluju predsjednici svih manjinskih vijeća i predstavnici nacionalnih manjina u Gradu Zagrebu. Glavni razlozi za osnivanje Koordinacije su:

- pojednostavljivanje komunikacije o zajedničkim pitanjima;
- usklađivanje informacija za sva vijeća nacionalnih manjina Grada Zagreba;
- usklađivanje općih uvjeta za djelovanje svih vijeća nacionalnih manjina Grada Zagreba;

- utemeljenje zajedničkih službi za pružanje potpore aktivnostima, kao što je pravnik, stručno-politički savjetnik i sl.

Vijeće češke nacionalne manjine Grada Zagreba je inicijator utemeljenja Koordinacije vijeća i predstavnika češke nacionalne manjine u Republici Hrvatskoj.. Inicijativa za osnivanje proizlazi iz članka 33. Ustavnog zakona o pravima nacionalnih manjina. Vijeće je ovaj prijedlog podnijelo na svom zasjedanju dana 20. svibnja 2004. godine. O svojoj inicijativi je dopisom obavijestio sva vijeća i predstavnike češke nacionalne manjine na razini županija te Skupštinu Saveza Čeha u RH dana 10. lipnja 2004. godine u Daruvaru. Sporazum o osnivanju Koordinacije potpisan je 13. siječnja 2006. godine . Odlukom Savjeta za nacionalne manjine RH, od 29. lipnja 2007. godine, dana je suglasnost na Odluku Koordinacije o zastavi, grbu i himni češke nacionalne manjine u Republici Hrvatskoj ( temeljem čl.33. t. 5. Ustavnog zakona o pravima nacionalnih manjina - NN br. 155/2002 )